MGI FluTrack软件是华大智造自研的一款用于流感的识别、组装以及溯源分析的生物信息软件。通过自主开发的数据预处理工具结合SOAPnuke软件完成数据的预处理和质控，利用BWA以及自主开发的流感阴阳性判断算法完成数据比对和病毒识别，通过自研软件工具IAP完成甲乙流的组装，并使用组装生成的甲乙流序列进行溯源分析。

华大智造微生物快速识别与组装溯源平台是专为简化病原高通量测序基因数据分析而开发的一站式平台。该平台包含微生物快速识别软件（Microorgan isms Fast Identification Software, 简称PFI）、微生物组装溯源软件（简称MGAP）和MGI metarget COVID 软件共三款生信软件，并配备专业的实验室信息管理系统 ZLIMS，提供图形化操作界面，开机即用。

自从新型冠状病毒病（SARS-CoV-2）在全球蔓延以来，病毒不断进化，衍生出越来越多的病毒变种。 MGI metargetCOVID 软件是一款基因组学生物信息学工具，专门用于分析 SARS-CoV 2-基因组。 其功能包括变异检测、变异注释和功能效果预测，并通过Nextclade为样本基因组序列分配Nextstrain编号，同时使用Pangolin软件分配Pangolin动态命名法的SARS-CoV-2谱系编号。 该软件可适用于宏基因组测序或华大智造ATOPlex平台的高通量测序数据分析，为客户提供一套有效的SARS-CoV-2识别分析组合解决方案。该软件需安装在华大智造生信分析产品中。

病媒物种及微生物识别软件是专为简化病媒物种鉴定及病原微生物识别而开发的软件，具有检测通量高，一次测序可以同时识别病媒物种与携带病原，流程标准化等优势。